Parafia pw. Miłosierdzia Bożego została erygowana 1.12.1985 r. przez Biskupa łomżyńskiego Juliusza Paetza w granicach dotychczasowego samodzielnego ośrodka duszpasterskiego ustanowionego przez Biskupa M. Sasinowskiego 1.09.1981 r. przy tymczasowej drewnianej kaplicy. Parafia powstała z terytorium parafii katedralnej św. Michała Archanioła. W 1988 r. z terytorium parafii Miłosierdzia Bożego utworzono samodzielny ośrodek duszpasterski, a następnie w jego granicach 3.12.1989 r. erygowano parafię pw. Bożego Ciała. W 1997 r. odłączono część parafii Miłosierdzia Bożego do nowo powstałej parafii Krzyża Świętego oraz istniejącej parafii Bożego Ciała. W roku 2003 z parafii Miłosierdzia Bożego odłączono część terytorium do nowo powstałej parafii pw. św. Andrzeja Boboli.
Od 1982 r. staraniem ks. prob. Radzisława Ambroziaka została podjęta budowa kościoła murowanego dwupoziomowego pw. Miłosierdzia Bożego. W latach 1982-1991 wyłącznie niższa kondygnacja budowanego kościoła służyła do sprawowania liturgii parafialnej. Podczas IV pielgrzymki do Ojczyzny 4.06.1991 r. Ojciec Święty Jan Paweł II sprawował Mszę św. przy kościele Miłosierdzia Bożego i pobłogosławił tę świątynię. Od tego czasu kondygnacja górna kościoła została udostępniona do sprawowania kultu. Dnia 11.04.1999 r. parafialny kościół Miłosierdzia Bożego został ustanowiony Sanktuarium Miłosierdzia Bożego. Dnia 30.05.1999 r. przy kościele, w miejscu sprawowania Eucharystii przez Ojca Świętego Jana Pawła II, w obecności Nuncjusza Apostolskiego Abp. Józefa Kowalczyka, który przewodniczył liturgii i poświęcił figurę Chrystusa Króla Miłosierdzia, Biskup łomżyński Stanisław Stefanek dokonał intronizacji Chrystusa Króla Wszechświata. Od 1998 r. staraniem ks. prob. Jerzego Abramowicza kontynuowano prace wykończeniowe i wyposażeniowe wnętrza świątyni oraz zagospodarowywanie terenu Kalwarii Miłosierdzia i Łomżyńskiej Doliny Pamięci wokół kościoła. Kościół został poświęcony 26 listopada 2017 roku przez Biskupa Łomżyńskiego Janusza Stepnowskiego.
Liczba wiernych: 9456